Kjo bankë është e themeluar në vitin 1948, si Banka komunale – Manastir, me fokus të punës në rrethin e Manastirit, ndërsa nga viti 1962 në rrethin e Manastirit dhe Demir Hisarit. Në vitin 1966 Bankat komunale të Manastirit, Ohrit, Resnjës, Strugës dhe Krushevës u bashkuan në Banka komerciale investuese Manastir, me seli qendrore në Manastir dhe pesë filiale.

Në vitin 1971, tri bankat kryesore në Republikën e Maqedonisë, Banka Komerciale-Investuese – Manastir, Banka Komerciale-Investuese – Shkup dhe Stopanska banka Shkup, integrohen në një bankë të vetme Stopanska banka – Shkup, me seli në Shkup.

Në vitin 1977 themelohet dhe konstituohet Stopanska banka – Banka themelore Manastir, ndërsa në vitin 1989 bankat themelore bashkohen, formohet Stopanska banka sh.a. Shkup, ndërsa bankat themelore transformohen në filiale kryesore të saj.

Stopanska banka sh.a. Manastir, në formën e saj të sotme juridike, ka filluar me punë me vendimin e aksionarëve të Kuvendit të aksionarëve nga data 07.06.1995, si bankë e pavarur me një bilanc fillestar nga 01.01.1995.